東本願寺函館別院（ひがしほんがんじはこだてべついん）は、北海道函館市元町にある浄土真宗真宗大谷派の寺院である。本尊は、阿弥陀如来像。
　寛永一八（１６４１）年、浄玄が、木古内村に阿弥陀堂を建立したのが始まりである。その後、寺院は箱館に移転する。
　安政五（１８５８）年、幕府の命令で本願寺箱館御坊浄玄寺と公称。明治九（１８７６）年、別院と改称された。
　大正四（１９１５）年、２度に渡る大火による焼失の後、防火のため、日本で初めての鉄筋コンクリート造りの伽藍（がらん）が建築された。
　一見木造に見える本堂の柱や梁にはコンクリートが、小屋根には鉄筋が使われ、附属の表門、南門、堀も全てコンクリート造りの構造となっている。
　東本願寺函館別院は、緩やかな曲線を描く大きな屋根も美しい、歴史ある寺である。