「赤門」の名前で親しまれているこの門は、今や東京大学の代名詞と言える存在だが、そもそもは元加賀藩上屋敷の御住居表御門で、徳川第一一代将軍家斉の二一女溶姫（やすひめ）が加賀藩一三代藩主前田斉泰に輿入れする際、溶姫を迎えるために建てられたもの。
　この門が「赤」であったわけは、将軍家斉の時代は三位以上の大名が将軍家から妻を迎える場合、居住する御守殿に朱塗りの門を建造することが慣わしだったためである。
　この朱塗りの門は焼失に際して再建を許されないという習慣があり、今や当時の原型をとどめる唯一の御守殿門となった。「赤門」は、その色鮮やかな朱塗り故に見た目にも大変美しい。中央部は屋根が中心の柱から少しずれる薬医門の型式で、切妻造、本瓦葺である。
　明治三六年に現在の位置へ移されるまでは、１５メートルほどキャンパス寄りに位置していたという。移転は、明治三○年頃から始まった医科大学の建設のため。現在、国の重要文化財に指定されている。